皮肤囊肿多数情况下不会自行消退，但部分体积较小且无感染的囊肿可能长期稳定存在。处理方式主要有定期观察、药物治疗、穿刺引流、手术切除。
体积小于5毫米且无红肿疼痛的囊肿可暂时观察，建议每3-6个月复查超声评估变化。
合并感染时可使用头孢氨苄胶囊、莫匹罗星软膏、克林霉素磷酸酯凝胶控制炎症，但药物无法消除囊壁。
适用于有明显液体积聚的囊肿，通过无菌穿刺排出内容物，但复发概率较高。
完整切除囊壁是根治方法，尤其适用于反复感染或直径超过2厘米的囊肿，门诊手术即可完成。
日常应避免挤压囊肿部位，保持皮肤清洁，若出现红肿热痛或快速增大应及时就医评估。
