肝门静脉血栓的严重程度取决于血栓范围及并发症情况，多数患者需及时干预以防止消化道出血或肠坏死等严重后果。
局限于肝门静脉分支的小血栓可能无症状，通过抗凝治疗可控制，常用药物包括低分子肝素、华法林或利伐沙班。
主干血栓可能导致门静脉高压，表现为腹水、脾肿大，需联合介入取栓和长期抗凝，严重时需门体分流术。
血栓延伸至肠系膜静脉时引发剧烈腹痛，可能需急诊手术切除坏死肠段，术后需监测凝血功能。
未及时治疗可能发展为顽固性腹水或食管胃底静脉曲张破裂，需内镜下套扎联合β受体阻滞剂预防出血。
确诊后应限制钠盐摄入并定期复查超声，避免剧烈运动以防血栓脱落，所有治疗需在专科医生指导下进行。
