霉菌性食管炎多数情况下不严重，但免疫功能低下者可能出现严重并发症。病情严重程度主要与感染范围、基础疾病、免疫状态、治疗时机等因素有关。
局部浅表感染通常症状轻微，表现为吞咽不适；广泛深层感染可能导致食管溃疡甚至穿孔，需积极抗真菌治疗。
糖尿病患者血糖控制不佳时易加重感染，艾滋病患者可能合并播散性真菌感染，这类人群需住院治疗。
健康人群多表现为自限性感染，化疗患者或器官移植术后使用免疫抑制剂者易发生侵袭性感染，需静脉用药。
早期使用氟康唑等抗真菌药物效果良好，延误治疗可能导致真菌血症等全身感染，需延长疗程。
建议患者保持口腔卫生，避免滥用抗生素，糖尿病患者需严格控制血糖，出现吞咽疼痛或胸骨后烧灼感应及时就诊。
