扁桃体炎反复用药可能引起药物耐受、胃肠刺激、肝肾负担及菌群失调，需权衡治疗必要性与潜在风险。
长期使用抗生素如阿莫西林可能导致细菌耐药，建议在医生指导下进行药敏试验后调整用药方案。
布洛芬等解热镇痛药易引发胃黏膜损伤，可配合奥美拉唑等胃黏膜保护剂使用，避免空腹服药。
对乙酰氨基酚等药物经肝脏代谢，长期使用需定期监测肝肾功能，必要时改用局部含片如西地碘含片。
广谱抗生素如头孢克洛可能破坏口腔及肠道菌群平衡，可辅助使用双歧杆菌三联活菌制剂调节微生态。
急性期发作建议优先采用淡盐水漱口等物理疗法，慢性反复发作者可评估手术指征，日常注意保暖及增强免疫力。
