芹菜不能直接杀菌，但含有具有抗菌作用的成分，有助于抑制部分细菌生长。芹菜中的芹菜素、挥发油等物质可能对某些微生物有抑制作用，但无法替代专业消毒或药物治疗。
芹菜中的活性成分如芹菜素在实验室研究中显示出对金黄色葡萄球菌、大肠杆菌等常见致病菌的抑制效果，其挥发油成分也可能通过破坏微生物细胞膜发挥一定抗菌作用。这些成分在体外实验中浓度较高时可能表现出抑菌活性，但日常食用芹菜时人体实际吸收的剂量远低于实验浓度。芹菜含有的多酚类物质具有抗氧化特性，间接帮助增强免疫防御功能，可能辅助减少细菌感染概率。新鲜芹菜汁局部外敷在民间疗法中被用于小伤口处理，但缺乏临床证据支持其杀菌效果。
芹菜作为食物无法达到医用杀菌剂的浓度和效果，对幽门螺杆菌、结核杆菌等顽固病原体无明显作用。其抗菌成分在高温烹煮过程中易被破坏，生吃时受消化系统分解也难以维持有效浓度。芹菜可能抑制口腔中部分致龋菌的生长，但对已形成的感染性疾病无治疗价值。特殊情况下如芹菜过敏者接触其汁液可能出现皮肤刺激，误以为是杀菌反应。
日常饮食中适量摄入芹菜可补充膳食纤维和维生素，但出现细菌感染症状应及时就医。处理生食时仍需规范清洗消毒，避免依赖食物杀菌。芹菜可搭配大蒜、生姜等具有更强抗菌活性的食材，但严重感染需遵医嘱使用抗生素如阿莫西林胶囊、头孢克肟片、左氧氟沙星片等药物治疗。
