传染性软疣可通过临床表现诊断，必要时可进行病理检查或病毒PCR检测辅助确诊。诊断方法主要有典型皮损观察、组织病理学检查、病毒核酸检测、免疫组化检测。
医生通过肉眼观察皮肤表面半球形蜡样光泽的丘疹，中央有脐凹，挤压可排出乳酪样物质，结合病史即可临床诊断。
皮损活检可见特征性软疣小体，表皮细胞胞浆内包涵体，角质层呈网篮状改变，有助于不典型病例的确诊。
采用PCR技术检测皮损中的传染性软疣病毒DNA，特异性强但成本较高，多用于科研或特殊病例。
通过特异性抗体标记病毒抗原，可直观显示病毒感染情况，但操作复杂，临床较少常规开展。
日常应避免搔抓防止自体接种，衣物需高温消毒，确诊后可在皮肤科医生指导下进行刮除、冷冻或药物治疗。
