急性胃肠炎容易与食物中毒、细菌性痢疾、肠易激综合征、阑尾炎等疾病相混淆。
食物中毒与急性胃肠炎均可出现呕吐、腹泻等症状，但食物中毒通常有明确的不洁饮食史，起病更急骤，可能伴随神经系统症状如视物模糊。
细菌性痢疾表现为发热、腹痛、里急后重感，粪便检查可见脓血便，与急性胃肠炎的水样便不同，需通过粪便培养鉴别。
肠易激综合征以反复发作的腹痛伴排便习惯改变为特征，但无感染性疾病的发热等全身症状，病程常超过3个月。
阑尾炎早期可能表现为脐周痛伴呕吐，但疼痛会逐渐转移至右下腹并固定，体检可见麦氏点压痛，与胃肠炎的弥散性腹痛不同。
出现持续腹痛、血便、高热等症状时应及时就医，日常注意饮食卫生，避免生冷食物刺激胃肠黏膜。
