复方黄连素片的主要禁忌包括孕妇禁用、脾胃虚寒者慎用、过敏体质者慎用、严重肝肾功能不全者禁用。
复方黄连素片含有黄连等成分，可能刺激子宫收缩，导致流产或早产风险增加。孕妇出现腹泻等症状时应就医选择更安全的替代药物。
黄连性味苦寒，可能加重腹痛、腹泻等脾胃虚寒症状。此类患者使用前需中医辨证，可考虑配合温中健脾药物如附子理中丸。
对黄连、黄柏等成分过敏者可能出现皮疹、呼吸困难等反应。首次使用应观察是否出现皮肤瘙痒、红肿等过敏症状。
严重肝肾功能不全者代谢药物能力下降，可能导致药物蓄积中毒。此类患者需在医生指导下调整剂量或改用其他止泻药物。
使用复方黄连素片期间应避免辛辣刺激饮食，出现严重不良反应需立即停药就医，长期服用须定期监测肝肾功能。
