粪便采集时需注意采集时间、容器污染、取样部位、保存方式和送检时效等事项，避免月经期、尿液混入或使用药物干扰检测结果。
采集时间应选择晨起第一次排便，此时粪便浓缩且成分稳定。使用医院提供的专用无菌容器，避免使用家用器皿导致污染。取样时选取粪便中段或异常部分，如黏液、血丝区域，量约蚕豆大小。若需检测寄生虫，需连续采集3天样本。样本采集后2小时内送检，夏季需冷藏保存但禁止冷冻。腹泻患者应取脓血部分，便秘者可借助无菌棉签取样。采集前3天停用铁剂、铋剂等影响检测药物，避免摄入动物血制品。婴幼儿需使用专用采集袋，防止尿液污染样本。
粪便检测前24小时保持正常饮食，避免剧烈运动或过量摄入高脂食物。采样容器应密封防漏，标注患者姓名、采集时间等信息。特殊检测如隐血试验需提前告知医生用药史，免疫法检测前避免服用维生素C。采样后尽快送检可提高准确性，延迟送检可能导致细菌过度繁殖或成分降解。长期服用抗生素或益生菌者需提前与医生沟通，必要时调整检测方案。
