活性乳酸菌与非活性乳酸菌的营养价值差异主要体现在益生功能上，活性乳酸菌能定植肠道发挥调节作用，非活性乳酸菌主要提供代谢产物和菌体成分。
活性乳酸菌能通过胃酸到达肠道定植，持续产生乳酸、细菌素等代谢产物，帮助维持肠道菌群平衡，改善乳糖不耐受症状，常见菌种包括嗜酸乳杆菌、双歧杆菌等。
非活性乳酸菌虽失去繁殖能力，但其菌体蛋白、肽聚糖等成分仍具有免疫调节作用，代谢产物如B族维生素、短链脂肪酸等营养素可被直接吸收利用。
活性菌对腹泻、便秘等肠道问题改善更显著，非活性菌在增强免疫力方面效果更稳定，高温灭活处理可能增加某些生物活性物质的释放。
活性菌需低温保存且有效期短，适合日常肠道调理；非活性菌耐储存且安全性高，适用于免疫功能低下等特殊人群。
选择时需根据需求决定，活性菌制品需关注活菌数及保质期，酸奶等发酵乳制品建议选择含活菌产品，灭菌型乳酸菌饮料可补充部分营养素。
