藿香正气水可以缓解部分原因引起的腹泻，主要适用于外感风寒、内伤湿滞导致的胃肠型感冒或轻度急性胃肠炎。
夏季贪凉饮冷后出现腹痛腹泻伴畏寒发热时，藿香正气水可通过解表化湿缓解症状。同类药物还包括保济口服液、午时茶颗粒。
饮食不洁引起的恶心呕吐、水样便，藿香正气水能和中止泻。需配合蒙脱石散、口服补液盐预防脱水。
细菌性肠炎表现为脓血便、里急后重时，须联合诺氟沙星、黄连素等抗菌药物，单独使用藿香正气水效果有限。
轮状病毒等感染引发水样泻伴发热时，应以补液为主，藿香正气水仅辅助改善胃肠不适症状。
腹泻持续超过24小时或出现血便、高热时须及时就医，儿童及孕妇使用藿香正气水前应咨询医师。
