中药可作为辅助治疗肺部真菌感染的手段之一，但需在规范抗真菌药物治疗基础上使用。临床常用中药包括黄芪、金银花、黄芩、鱼腥草等，具有调节免疫或抑菌作用。
黄芪多糖能增强巨噬细胞吞噬功能，改善免疫功能低下患者的防御能力，常与两性霉素B等抗真菌药联用。
金银花含绿原酸等成分，对白色念珠菌有抑制作用，可辅助治疗念珠菌性肺炎，需配合氟康唑使用。
黄芩苷通过破坏真菌细胞膜发挥抑菌效果，适用于曲霉菌感染辅助治疗，常与伏立康唑联合应用。
鱼腥草素钠对隐球菌有抑制作用，可作为肺隐球菌病的辅助用药，须与两性霉素B等药物协同使用。
肺部真菌感染确诊后应立即进行规范抗真菌治疗，中药使用需由中医师辨证施治，不可替代抗真菌药物，治疗期间应定期复查胸部影像学及真菌学检查。
