急性胃肠炎通常不会发展为慢性胃肠炎，但反复发作或治疗不当可能引发慢性胃肠功能障碍。主要影响因素有病原体持续感染、肠道菌群失衡、基础疾病未控制、免疫异常等。
部分细菌或寄生虫感染未彻底清除可能导致症状迁延，如弯曲杆菌、贾第鞭毛虫感染，需通过粪便检测确诊后针对性使用阿奇霉素、甲硝唑等抗生素治疗。
急性期过度使用抗生素或饮食不当会破坏肠道微生态平衡，表现为腹胀腹泻反复发作，可配合双歧杆菌三联活菌、酪酸梭菌等益生菌制剂调节。
合并糖尿病、克罗恩病等基础疾病患者更易出现症状慢性化，需控制原发病同时使用美沙拉嗪、柳氮磺吡啶等肠道抗炎药物。
自身免疫反应异常可能诱发慢性肠炎，表现为腹痛伴黏液便，需通过肠镜检查确诊，必要时采用泼尼松等免疫抑制剂治疗。
恢复期建议选择低脂少渣饮食，避免生冷刺激食物，症状持续超过两周需复查肠镜排除器质性病变。
