百日咳患儿通常需要持续用药2-3周，实际疗程受到病情严重程度、用药反应、并发症预防、病原体耐药性等因素影响。
轻症患儿可能仅需口服阿奇霉素干混悬剂10-14天，中重度病例需联用红霉素肠溶片与止咳平喘类药物，合并肺炎时需延长至3周。
家长需每日记录咳嗽发作频率，若用药72小时后痉挛性咳嗽未减轻，需复诊调整方案，可能换用克拉霉素颗粒或加强雾化治疗。
针对易并发中耳炎或肺炎的高危患儿，即使症状缓解也需完成全程抗生素治疗，常用药物包括头孢克洛干混悬剂等二代头孢类药物。
部分地区出现大环内酯类耐药菌株，痰培养阳性患儿可能需要改用复方磺胺甲噁唑颗粒，需严格遵循药敏试验结果调整用药。
家长应保持室内湿度在60％左右，喂养时采用少量多次方式，密切观察有无屏气发作或嘴唇发绀等缺氧表现，任何异常及时急诊就医。
