小儿病毒性心肌炎易与风湿性心肌炎、先天性心脏病、川崎病、心内膜弹力纤维增生症等疾病相混淆。
风湿性心肌炎多伴随关节疼痛、环形红斑等症状，实验室检查可见抗链球菌溶血素O升高，与病毒性心肌炎的病毒学检测结果不同。
先天性心脏病患儿多有心脏杂音、发绀等表现，心脏超声可发现心脏结构异常，而病毒性心肌炎以心肌酶谱异常为主。
川崎病典型表现为持续发热、草莓舌、手足硬肿等症状，冠状动脉病变是其重要特征，与病毒性心肌炎的心肌损伤机制不同。
心内膜弹力纤维增生症多见于婴幼儿，心脏超声显示心内膜增厚，病情进展较快，而病毒性心肌炎多有明确病毒感染史。
家长发现孩子出现心悸、乏力等症状时应及时就医，医生会通过心电图、心肌酶谱、心脏超声等检查进行鉴别诊断。
