小儿慢性肉芽肿病多数情况下可通过规范治疗控制病情，但严重感染或并发症可能危及生命。预后主要与感染频率、基因突变类型、治疗及时性、并发症管理等因素相关。
反复细菌或真菌感染会加速器官损伤，需定期使用抗生素预防（如复方磺胺甲噁唑），并监测免疫功能。
CYBB基因突变者症状较重，可能需造血干细胞移植；其他基因型可通过干扰素-γ治疗改善中性粒细胞功能。
早期诊断并规范使用抗菌药物（如伏立康唑）、免疫调节剂，可显著降低病死率，延误治疗易导致败血症。
肉芽肿引发消化道梗阻或肺部病变时需手术干预，合并自身免疫性疾病需加用糖皮质激素控制炎症反应。
家长需严格遵医嘱进行抗感染治疗，避免接种活疫苗，定期复查中性粒细胞氧化爆发试验，注意营养支持以增强患儿抵抗力。
