疟疾可分为急性发作和慢性感染两种类型，慢性疟疾通常由疟原虫持续低水平感染或治疗不彻底导致，主要表现为周期性低热、贫血、脾肿大等症状。
间日疟原虫和卵形疟原虫可在肝脏形成休眠体，数月甚至数年后再次激活引起复发，需规范使用伯氨喹等根治药物。
未完成足疗程抗疟治疗可能导致疟原虫未被完全清除，建议采用青蒿素联合疗法并严格遵医嘱用药。
艾滋病或使用免疫抑制剂患者易发展为慢性感染，需同时治疗基础疾病并监测疟原虫载量。
东南亚和非洲部分地区存在青蒿素耐药疟原虫，导致疾病迁延，必要时需采用多西环素等二线治疗方案。
慢性疟疾患者应定期复查血涂片，加强营养补充铁剂和叶酸，出现发热症状需及时进行疟原虫检测。
