流行性脑脊髓膜炎临床分期分为上呼吸道感染期、败血症期、脑膜炎期和恢复期，疾病进展从轻到重依次表现为鼻咽部症状、全身中毒症状、中枢神经系统损害及逐渐康复过程。
病原体侵入鼻咽部引起局部炎症，表现为发热、咽痛、流涕等感冒样症状，此期血培养可能阳性，脑脊液尚未出现异常。
脑膜炎球菌入血导致寒战高热、皮肤瘀点瘀斑，严重者可出现感染性休克，实验室检查可见白细胞显著升高，瘀点涂片可发现革兰阴性双球菌。
细菌突破血脑屏障引发颅内感染，典型表现为剧烈头痛、喷射性呕吐、颈项强直，脑脊液检查呈化脓性改变，部分患者出现意识障碍或抽搐。
经规范治疗后体温渐退、神经系统症状改善，重症患者可能遗留听力损害、肢体瘫痪等后遗症，需持续康复治疗。
疾病各期均需严格隔离，恢复期应加强营养支持与功能锻炼，密切监测并发症，儿童患者家长需定期随访神经系统发育情况。
