咖啡可能由咖啡因作用、胃酸分泌增加、胃肠蠕动刺激、个体敏感性等原因引起胃肠不适，可通过调整饮用量、选择低因咖啡、避免空腹饮用、就医评估等方式缓解。
咖啡因刺激中枢神经和胃肠黏膜，可能引发心悸或反酸。建议每日摄入不超过400毫克，对应约3杯标准美式咖啡。胃肠痉挛时可遵医嘱使用铝碳酸镁片、复方氢氧化铝片、雷尼替丁等药物。
咖啡中的氯原酸促进胃酸过量分泌，长期可能诱发胃炎。伴随烧灼感时，可选用奥美拉唑肠溶胶囊、法莫替丁片、硫糖铝混悬凝胶等抑酸药物，同时避免与辛辣食物同食。
咖啡加速肠道收缩可能引发腹泻或腹痛，与肠道易激综合征相关。症状明显时需排除乳糖不耐受，必要时使用蒙脱石散、双歧杆菌三联活菌胶囊、洛哌丁胺等调节剂。
部分人群对咖啡中绿原酸等成分过敏，表现为皮疹伴胃肠不适。建议进行食物不耐受检测，急性发作时可短期使用氯雷他定片、西替利嗪滴剂、马来酸氯苯那敏片等抗组胺药。
胃肠敏感者建议饮用咖啡时搭配全麦面包等缓冲食物，出现持续黑便或体重下降需及时消化内科就诊。
