生殖器疱疹潜伏期一般为2-12天，实际时间受到病毒载量、免疫状态、感染部位、病毒亚型等多种因素的影响。
1、病毒载量
初次感染时病毒复制活跃程度直接影响潜伏期长短，高病毒载量可能缩短潜伏期至3天内。
2、免疫状态
免疫功能低下者潜伏期可能缩短，HIV感染者或长期使用免疫抑制剂人群可能出现更早症状。
3、感染部位
黏膜部位较皮肤更易出现早期症状，女性宫颈感染可能比外阴皮损表现更隐匿。
4、病毒亚型
HSV-2型较HSV-1型潜伏期更短，约70％初次感染在接触后1周内出现症状。
潜伏期内仍具有传染性，建议出现可疑接触史后避免性行为并及时进行血清学检测，日常保持患处清洁干燥。
