脑肝肾综合征可能由遗传代谢缺陷、病毒感染、药物或毒素损伤、自身免疫性疾病等原因引起，可通过对症支持治疗、药物干预、器官功能替代、病因治疗等方式改善。
部分患者存在先天性酶缺乏导致代谢异常，如威尔逊病铜代谢障碍。表现为黄疸、肌张力障碍，需使用青霉胺、锌制剂、曲恩汀等药物结合低铜饮食干预。
EB病毒、巨细胞病毒等感染可能诱发多器官损伤，伴随发热、肝脾肿大。需抗病毒治疗，可选用更昔洛韦、膦甲酸钠、干扰素等药物。
长期接触重金属或使用肝毒性药物可能导致多器官衰竭，出现意识障碍、少尿。需停用致病因素并使用乙酰半胱氨酸、还原型谷胱甘肽、血液净化治疗。
系统性红斑狼疮等疾病引发免疫复合物沉积，造成多系统损害。需采用糖皮质激素、环磷酰胺、利妥昔单抗等免疫调节治疗。
患者应避免高脂饮食及肝毒性物质接触，定期监测肝肾功能与神经系统症状，急性发作需立即就医。
