小肠镜检查可能由不明原因消化道出血、慢性腹痛、小肠肿瘤、克罗恩病等原因引起，可通过镇静麻醉、内镜下治疗、病理活检、胶囊内镜辅助等方式明确诊断。
反复黑便或贫血患者需排除小肠血管畸形，检查前需停用抗凝药物，必要时行内镜下止血治疗，常用药物包括凝血酶冻干粉、蛇毒血凝酶、氨甲环酸。
长期脐周疼痛可能与小肠炎症或梗阻相关，检查需清洁肠道准备，确诊后可选用美沙拉嗪、匹维溴铵、枯草杆菌二联活菌等药物调节肠道功能。
间质瘤或淋巴瘤等占位病变需病理确诊，检查中发现可疑病灶应标记定位，后续治疗可能涉及舒尼替尼、伊马替尼等靶向药物或外科手术。
节段性小肠病变伴溃疡需评估疾病活动度，检查可联合肠黏膜染色技术，治疗常用英夫利昔单抗、阿达木单抗等生物制剂配合肠内营养支持。
检查后24小时内避免剧烈运动，流质饮食过渡至正常饮食，出现持续腹痛或呕血需立即返院复查。
