先天性肠旋转不良手术后遗症主要包括肠粘连、肠梗阻、短肠综合征及营养不良，可通过定期复查、营养支持、药物干预及二次手术等方式管理。
术后腹腔内瘢痕组织形成可能导致肠粘连，表现为间歇性腹痛或腹胀。轻度粘连可通过胃肠减压缓解，严重者需使用透明质酸钠凝胶等防粘连药物，必要时行粘连松解术。
机械性肠梗阻多由粘连或肠扭转复发引起，需禁食并静脉补液，急性发作时可使用山莨菪碱解痉，顽固性梗阻需手术解除。
广泛肠切除后导致吸收面积不足，需长期补充胰酶肠溶胶囊、口服补液盐及维生素微量元素合剂，必要时采用全肠外营养支持。
消化吸收功能障碍易引发贫血或低蛋白血症，建议采用高热量肠内营养粉剂，配合乳铁蛋白及复合维生素制剂改善营养状态。
术后应建立个体化随访计划，监测生长发育指标，逐步过渡至低渣高蛋白饮食，避免剧烈运动以防肠管牵拉。
