肺脓肿后期通过规范治疗多数可以治愈，治疗方法包括抗生素治疗、引流排脓、营养支持和手术治疗，实际预后与患者基础疾病、感染病原体类型及治疗时机密切相关。
针对细菌感染使用广谱抗生素如头孢曲松、莫西沙星、克林霉素，需根据药敏结果调整用药，疗程通常持续数周以上直至影像学改善。
对于脓腔较大者可采用经皮穿刺引流或支气管镜引流，促进脓液排出，同时配合体位引流等物理方法，有助于加速病灶吸收。
高蛋白高热量饮食配合肠内营养制剂，纠正因感染导致的负氮平衡，必要时静脉补充白蛋白，改善机体修复能力。
对药物治疗无效的慢性肺脓肿或合并大咯血、支气管胸膜瘘等并发症时，需行肺叶切除术或脓肿切开引流术，术后继续抗感染治疗。
治疗期间需监测体温和痰液变化，避免吸烟及接触呼吸道刺激物，康复期逐步进行呼吸功能锻炼，定期复查胸部CT评估疗效。
