石菖蒲具有开窍醒神、化湿和胃、宁心安神的功效，主要用于治疗痰蒙清窍、湿阻中焦、失眠健忘等症状。
石菖蒲挥发油成分可刺激中枢神经系统，改善痰湿蒙蔽导致的意识模糊或嗜睡，常与郁金、远志配伍使用，适用于中风后言语不利或癫痫发作。
所含细辛醚能促进消化液分泌，缓解湿浊阻滞引起的脘腹胀满、食欲不振，多与苍术、厚朴同用，对夏季暑湿型胃肠炎有调节作用。
β-细辛醚具有镇静作用，可改善焦虑型失眠和心悸症状，常配伍酸枣仁、茯苓，适用于更年期综合征或神经衰弱患者。
体外实验显示其水煎剂对金黄色葡萄球菌有抑制作用，外敷可辅助治疗皮肤湿疹，常与黄柏、苦参等配伍制成洗剂。
使用石菖蒲需注意阴虚阳亢者慎用，建议在中医师指导下配伍应用，避免长期大剂量使用导致口腔黏膜刺激。
