生殖器疱疹潜伏期一般为2-12天，实际时间受到病毒载量、免疫状态、感染部位、首次感染或复发等多种因素的影响。
1、病毒载量
接触病毒数量较多时潜伏期可能缩短，病毒通过皮肤黏膜破损处侵入神经节形成潜伏感染。
2、免疫状态
免疫功能低下者潜伏期可能更短，HIV感染者或长期使用免疫抑制剂人群需特别注意早期症状。
3、感染部位
会阴部皮肤较薄区域感染后出现症状较快，宫颈等深部组织感染可能延迟症状显现。
4、感染类型
初次感染潜伏期较长，复发感染因体内已存在抗体，症状出现时间可能提前。
潜伏期无症状但具有传染性，建议出现生殖器簇集水疱、溃疡等症状时及时就诊皮肤性病科，避免性接触传播。
