肺部真菌感染通常难以自愈，多数情况下需要抗真菌药物治疗。病情严重程度、免疫状态、真菌种类及是否合并基础疾病等因素会影响预后。
免疫功能正常者可能通过自身免疫力控制轻度感染，但真菌孢子仍可能潜伏。建议定期复查胸部影像学，避免过度劳累。
念珠菌性肺炎可能表现为咳嗽低热，肺隐球菌病常伴头痛胸痛。可能与长期使用抗生素、吸入污染环境空气等因素有关，需使用氟康唑、两性霉素B等药物。
糖尿病患者易继发毛霉菌感染，表现为咯血呼吸困难。艾滋病患者合并组织胞浆菌病风险高，需静脉用伊曲康唑联合控制原发病。
曲霉菌感染可能导致咯血或播散至其他器官，肺孢子菌肺炎可快速进展为呼吸衰竭。出现持续高热、血氧下降时需住院治疗。
日常需保持居所通风干燥，避免接触霉变物品，高危人群应定期进行胸部CT筛查。所有抗真菌药物均须严格遵医嘱使用。
