非结核分枝杆菌感染的治疗难度因人而异，主要与菌种类型、感染部位、患者免疫状态以及药物敏感性等因素有关。
不同菌种对抗生素的敏感性差异较大，鸟分枝杆菌复合群通常需要长期联合用药，而堪萨斯分枝杆菌对标准抗结核药物反应较好。
肺部感染需持续用药数月，皮肤软组织感染可能仅需局部清创配合短期抗生素治疗，骨关节感染往往需要手术干预。
HIV感染者合并非结核分枝杆菌病时预后较差，需同时进行抗病毒治疗；免疫功能正常者通过规范治疗多可治愈。
对利福平耐药的菌株需调整用药方案，大环内酯类耐药将显著增加鸟分枝杆菌复合群的治疗难度。
治疗期间需定期监测肝肾功能，保证营养摄入均衡，避免擅自停药导致复发。出现药物不良反应时应及时就医调整方案。
