多数肝囊肿无须治疗，定期观察即可。肝囊肿的处理方式主要有定期复查、穿刺抽液、手术切除、介入治疗。
体积较小且无症状的单纯性肝囊肿建议每6-12个月进行超声监测，囊肿直径超过5厘米或生长迅速时需警惕。
对于引起压迫症状的较大囊肿，可在超声引导下抽吸囊液，但复发率较高，可能与胆管结构异常或寄生虫感染有关。
适用于反复感染或怀疑恶变的囊肿，腹腔镜下囊肿开窗术是首选方式，通常与先天性胆管发育障碍或创伤后改变相关。
通过注射硬化剂使囊壁粘连，适用于不宜手术的患者，需排除多囊肝等遗传性疾病可能。
日常应避免腹部外伤，控制酒精摄入，出现持续右上腹胀痛、发热等症状需及时就医评估。
