真菌性脑膜炎可能遗留不同程度后遗症，常见表现包括认知障碍、运动功能障碍、癫痫发作及听力视力损害，后遗症严重程度与感染菌种、治疗时机和基础健康状况密切相关。
新型隐球菌感染易导致记忆力和注意力下降，可能与脑实质损伤有关，需配合神经认知康复训练。
曲霉菌感染可能引发肢体偏瘫或平衡失调，早期介入物理治疗有助于功能恢复。
脑组织瘢痕形成可成为致痫灶，需长期服用丙戊酸钠、左乙拉西坦等抗癫痫药物控制。
颅神经受累可能导致永久性耳聋或视野缺损，念珠菌感染更易造成视神经不可逆损害。
康复期应保证充足营养摄入并定期进行神经功能评估，出现头痛加重或新发神经症状需立即复查脑脊液培养和影像学检查。
