霉菌直肠炎多数情况下属于轻中度感染性疾病，严重程度主要取决于免疫状态、基础疾病、治疗及时性和感染范围。
免疫功能正常者症状较轻，表现为肛门瘙痒和黏液便；免疫功能低下者可能出现发热、血便等全身症状，需使用氟康唑、伊曲康唑等抗真菌药物。
合并糖尿病或艾滋病等疾病时易加重感染，需控制原发病同时进行抗真菌治疗，可选用两性霉素B脂质体等药物。
早期规范治疗预后良好，延误治疗可能导致直肠狭窄或播散性真菌感染，需根据药敏结果选择伏立康唑等药物。
局限型直肠炎症状较轻，弥漫性感染可能累及结肠，需联合局部灌肠与全身用药，常用制霉菌素混悬液保留灌肠。
建议患者保持肛周清洁干燥，避免滥用抗生素，出现持续腹泻或便血时应及时到消化内科或感染科就诊。
