水蓼具有清热解毒、利湿止泻、散瘀消肿等功效，主要用于治疗痢疾、肠炎、湿疹、跌打损伤等症状。
水蓼含有黄酮类化合物，能抑制多种细菌生长，对湿热型痢疾和肠炎有缓解作用，可配合黄连素片、诺氟沙星胶囊等药物使用。
其挥发油成分可调节肠道水分平衡，改善腹泻症状，临床常与蒙脱石散、双歧杆菌三联活菌散联用治疗急性肠炎。
水蓼提取物能促进局部血液循环，外敷可缓解软组织挫伤肿胀，常配合云南白药气雾剂、跌打万花油等外用药物。
煎剂外洗对湿疹、疥癣等皮肤病有止痒效果，严重者可联合糠酸莫米松乳膏、复方酮康唑软膏治疗。
使用水蓼需遵医嘱，避免过量引发恶心等不良反应，孕妇及过敏体质者慎用，外用时出现皮肤刺激应立即停用。
