长芽马铃薯通常不建议食用。马铃薯发芽后会产生龙葵碱等有毒物质，可能引起食物中毒。
马铃薯在储存过程中若环境潮湿或温度较高，表皮会逐渐变绿并长出芽点。此时芽眼及周围组织会大量合成龙葵碱，这种生物碱对热稳定，普通烹饪无法完全分解。误食后可能出现口腔咽喉灼烧感、恶心呕吐、腹痛腹泻等胃肠刺激症状，严重时可伴随头痛、呼吸困难甚至神经系统抑制。发芽马铃薯的毒性随着芽体生长而增强，即使挖除芽眼后，周边果肉仍可能残留毒素。
个别情况下，刚萌发微小芽点且未变绿的马铃薯，经彻底削除芽眼及周围2厘米以上组织后，高温油炸或炖煮可能降低风险。但该方法无法确保完全去除毒素，幼儿、孕妇及消化功能较弱者仍应避免食用。若发现马铃薯表皮大面积发绿或芽体超过3毫米，则必须整颗丢弃。
建议将马铃薯存放在阴凉通风处，避免日光直射。可将其与苹果共同存放，苹果释放的乙烯能抑制马铃薯发芽。若发现库存马铃薯有发芽迹象，应及时处理避免继续恶化。食用后出现舌头发麻等不适症状，需立即就医并保留食物样本供检测。
