肝囊肿的治疗方法需根据囊肿大小、症状及并发症决定，多数无症状小囊肿无须治疗，有症状或并发症时需医疗干预。
肝囊肿较小时且无不适症状，通常建议定期复查超声观察变化，日常避免腹部剧烈运动或外伤。若囊肿增大压迫周围器官引发腹痛、腹胀或感染，可在超声引导下穿刺抽液并注射硬化剂如无水乙醇，创伤小且恢复快。对于多发囊肿、位置特殊或反复发作的病例，腹腔镜囊肿开窗术是首选外科方式，通过微创技术切除部分囊壁促进液体吸收。极少数合并出血、癌变或胆瘘的复杂囊肿可能需要肝部分切除术。所有治疗需结合肝功能评估，合并肝硬化等基础疾病时需调整方案。
患者应保持清淡饮食，避免酒精和高脂食物，每6-12个月复查超声监测囊肿进展。
