肺囊肿严重时可通过药物控制、穿刺引流、手术切除、综合治疗等方式干预。肺囊肿进展多与感染加重、支气管阻塞、先天发育异常、并发症出现等因素相关。
继发细菌感染时需使用抗生素，如阿莫西林克拉维酸钾、左氧氟沙星、头孢曲松钠，伴有咳血可联用氨甲环酸止血。
巨大囊肿压迫肺组织时需超声引导下穿刺抽液，缓解呼吸困难，术后需预防性使用抗生素避免脓胸。
反复感染或癌变倾向的囊肿需行肺楔形切除术或肺叶切除术，胸腔镜微创手术适用于多数单发囊肿病例。
合并气胸者需胸腔闭式引流，营养不良患者需补充蛋白粉等营养支持，术后配合呼吸训练促进肺复张。
日常需避免剧烈运动诱发气胸，术后定期复查胸部CT监测复发情况，吸烟患者必须严格戒烟。
