支原体和衣原体感染的症状主要表现为早期呼吸道症状、泌尿生殖系统症状、眼部症状及全身症状，严重程度从轻到重依次为咳嗽咽痛、尿频尿痛、结膜炎及持续发热。
早期常见持续性干咳、咽喉肿痛，可能伴随低热，症状类似普通感冒但病程较长。衣原体肺炎患者可能出现胸骨后疼痛。
衣原体引起的非淋菌性尿道炎表现为排尿刺痛、尿道分泌物增多，女性可能出现宫颈炎伴异常阴道分泌物。支原体感染可导致尿频尿急。
沙眼衣原体感染可引发结膜充血、眼睑肿胀及黏液脓性分泌物，婴幼儿可能发生包涵体性结膜炎。接触传播是主要感染途径。
肺炎支原体感染可能出现持续高热伴头痛乏力，儿童可并发中耳炎或皮疹。生殖道衣原体感染未治疗可能引起盆腔炎或不孕。
出现疑似症状应及时进行病原体检测，治疗期间避免性生活，加强个人用品消毒，补充维生素C和优质蛋白有助于恢复。
