真菌性败血症需进行血培养、血清学检测、影像学检查、组织病理学检查等。诊断需结合临床表现与实验室结果，早期干预可改善预后。
多次采集外周静脉血或导管血进行真菌培养，是确诊金标准。念珠菌属常见需氧培养，隐球菌需特殊培养基。培养阳性率受采血量、抗菌药物使用影响。
检测β-D-葡聚糖、半乳甘露聚糖抗原有助于曲霉/念珠菌感染诊断。隐球菌荚膜多糖抗原检测特异性高。抗体检测适用于地方性真菌病流行区筛查。
胸部CT可发现肺浸润影、结节等侵袭性真菌感染征象。腹部超声或CT评估肝脾脓肿。中枢神经系统感染需行头颅MRI增强扫描。
感染部位组织活检可见真菌菌丝或孢子，特殊染色如PAS、六胺银可提高检出率。骨髓活检对播散性念珠菌病有诊断价值。
确诊后需监测肝肾功能、炎症指标，治疗期间定期复查影像学评估病灶变化。免疫功能低下患者应持续监测真菌标志物。
