酸奶饮料的营养价值通常低于酸奶。酸奶饮料主要含有水、糖分和少量乳制品成分，而酸奶则以生牛乳或乳粉为主要原料，富含优质蛋白、钙和活性益生菌。
酸奶饮料虽然口感酸甜，但蛋白质含量往往不足酸奶的三分之一。多数酸奶饮料会添加大量白砂糖或果葡糖浆，每100毫升含糖量可能超过10克，长期饮用可能增加龋齿和代谢疾病风险。部分产品通过添加乳清蛋白粉或浓缩牛奶蛋白来提升蛋白质含量，但整体营养价值仍无法与酸奶相比。活性乳酸菌数量也是重要差异，酸奶需保证出厂时每克含百万级活菌，而酸奶饮料可能经过灭菌处理或仅含少量益生菌。
少数发酵型酸奶饮料会保留部分乳酸菌，这类产品包装上通常标注"活性乳酸菌"字样。选择时需注意营养成分表，优先选购蛋白质含量≥2.3克/100毫升、碳水化合物含量≤12克/100毫升的产品。部分品牌会添加膳食纤维或维生素进行营养强化，但钙含量仍普遍低于酸奶。
日常饮用建议优先选择无添加糖的低温酸奶，如需饮用酸奶饮料，应控制每日摄入量在200毫升以内。购买时注意区分包装标注的"发酵乳"与"乳饮料"，关注配料表中生牛乳是否排在首位。特殊人群如糖尿病患者更需谨慎选择无糖型产品，儿童饮用后建议及时漱口清洁牙齿。
