电子肠镜检查过程中可能会有一定不适感，但多数患者可以耐受。不适程度主要与个人耐受性、肠道准备情况、医生操作技术等因素有关。
检查前需要严格进行肠道清洁准备，服用泻药排空肠道内容物，这一过程可能引起腹胀或轻微腹痛。检查时医生会将带有微型摄像头的柔软导管从肛门插入，逐步推进至回盲部。肠镜通过肠道弯曲部位时可能产生牵拉感，部分敏感人群可能出现短暂绞痛。现代肠镜设备管径较细且可充气调节，配合医生指令调整呼吸能有效减轻不适。多数医疗机构提供镇静镇痛选项，静脉注射短效麻醉药物可使患者在睡眠状态下完成检查。
少数肠道结构异常或既往腹部手术史的患者可能出现较强痛感，如严重肠粘连患者肠镜通过受阻时疼痛较明显。炎症性肠病急性期、肠梗阻等特殊情况可能增加操作难度与不适感。对疼痛极度敏感或存在严重焦虑情绪者，可选择无痛肠镜实现全程无感检查。
检查后建议两小时内禁食，待麻醉药物完全代谢后再进食流质。当日避免剧烈运动或驾驶车辆，适当按摩腹部促进残留气体排出。选择经验丰富的消化内镜医师操作，配合术前心理疏导能显著提升检查舒适度。若出现持续腹痛、便血等异常情况应及时联系医疗人员。
