锥虫进入血液后可能出现发热、头痛、淋巴结肿大、皮疹等症状，严重时可进展为嗜睡、意识障碍或心肌炎。症状发展通常分为早期虫血症期、全身播散期和终末期器官损害。
锥虫经皮肤入侵后7-14天出现局部红肿硬结，伴随间歇性高热和游走性红斑，血液涂片可检出锥鞭毛体。
寄生虫扩散至全身后表现为持续性发热、剧烈头痛、颜面水肿，特征性体征包括颈后淋巴结肿大和环形红斑。
锥虫突破血脑屏障后出现睡眠周期紊乱、性格改变、震颤等，非洲锥虫病可见特征性的白天嗜睡与夜间失眠交替。
疾病晚期可引发心肌炎导致心力衰竭，或出现恶病质、癫痫持续状态等严重并发症。
接触疫区叮咬史者出现不明原因发热应及时就医，确诊需通过血涂片、脑脊液检查或血清学检测，早期治疗可选用喷他脒、苏拉明等抗原虫药物。
