泡柠檬水时一般不需要去皮，但需根据具体需求决定是否保留果皮。柠檬皮含有丰富的营养成分，但可能残留农药或影响口感差异。
柠檬皮富含柠檬烯、柚皮苷等活性成分，具有抗氧化和促进消化的作用。果皮浸泡可使水溶性维生素析出更充分，尤其适合需要摄取更多植物化合物的人群。带皮柠檬水呈现淡黄色，带有轻微苦味，这种风味组合被部分人喜爱。新鲜柠檬表皮蜡质层较薄，短时间浸泡不会释放过多苦涩物质。选择有机种植或充分清洗的柠檬可降低农残风险，用食盐搓洗表皮后再用流水冲洗能去除大部分表面污染物。
去皮处理更适合对苦味敏感或胃肠功能较弱者。果肉部分酸性物质浓度更高，去皮后浸泡的柠檬水酸度更纯粹且无涩感。儿童饮用时去除表皮能避免可能存在的过敏风险。工业加工柠檬可能使用防腐剂，去皮可减少这类化学物质溶出。若追求极简口感或制作冷泡茶饮，去除白色海绵层后再切片浸泡效果更佳。
建议根据个人体质和柠檬来源灵活选择处理方式。胃肠敏感者避免空腹饮用带皮柠檬水，每日摄入量控制在1-2片为宜。使用陶瓷或玻璃器皿浸泡，避免金属容器与酸性物质产生反应。冷藏保存的柠檬水须在8小时内饮用完毕，室温环境下放置不超过4小时。
