角膜基质炎通常可以治愈，治疗方法主要有抗感染治疗、抗炎治疗、促进修复、手术干预等。早期规范治疗多数患者预后良好。
细菌感染可使用左氧氟沙星滴眼液，病毒感染需用更昔洛韦凝胶，真菌感染选用纳他霉素滴眼液。需根据病原学检查结果针对性用药。
糖皮质激素如氟米龙滴眼液可控制炎症反应，非甾体抗炎药如普拉洛芬滴眼液能缓解症状，严重病例需口服泼尼松。
小牛血去蛋白提取物眼用凝胶可加速角膜修复，人工泪液如玻璃酸钠滴眼液改善眼表环境，必要时佩戴治疗性角膜接触镜。
角膜溃疡穿孔需紧急行角膜移植术，后期瘢痕严重影响视力可考虑光学性角膜移植。手术前后需严格抗感染治疗。
治疗期间避免揉眼，外出佩戴防护镜，规律复查角膜愈合情况。饮食注意补充维生素A、优质蛋白，保证充足睡眠有助于恢复。
