板蓝根可能引起胃肠道不适、过敏反应、肝肾功能异常、溶血性贫血等副作用，需在医生指导下合理使用。
板蓝根可能刺激胃肠黏膜，导致恶心呕吐或腹泻，脾胃虚寒者慎用，出现症状可遵医嘱使用蒙脱石散、双歧杆菌三联活菌胶囊、铝碳酸镁片等药物缓解。
部分人群服用后可能出现皮肤瘙痒或荨麻疹，过敏体质者需提前皮试，发生过敏时可使用氯雷他定片、地塞米松注射液、葡萄糖酸钙注射液进行抗过敏治疗。
长期大剂量使用可能增加肝肾代谢负担，表现为转氨酶升高或尿蛋白阳性，需定期监测肝肾功能，必要时使用谷胱甘肽片、复方甘草酸苷片、尿毒清颗粒等护肝保肾药物。
葡萄糖-6-磷酸脱氢酶缺乏者服用可能诱发溶血，出现黄疸或血红蛋白尿，应立即停用并就医，严重时需输血或使用地塞米松磷酸钠注射液、人血白蛋白、叶酸片等治疗。
使用板蓝根制剂期间避免辛辣刺激饮食，出现异常症状及时停药就医，儿童孕妇等特殊人群用药前需严格评估风险收益比。
