柠檬可通过冷藏保存、常温通风保存、切片冷冻保存、腌制保存、真空保存等方式存放。
1、冷藏保存完整柠檬可装入保鲜袋放入冰箱冷藏室，温度保持在4-8摄氏度最为适宜。冷藏能减缓水分流失和氧化，保存时间可达2-4周。需注意避免与其他气味强烈的食物接触，防止串味。若柠檬表皮出现霉斑或软化应立即丢弃。
2、常温通风保存未切开的柠檬在干燥通风处可存放1-2周，适宜温度为15-20摄氏度。需置于镂空果篮或纸袋中，避免阳光直射和潮湿环境。定期检查是否有腐烂迹象，及时剔除变质果实以防影响其他柠檬。
3、切片冷冻保存将柠檬切片后平铺在烘焙纸上冷冻2小时，再转移至密封袋冷冻保存。该方法可保存3-6个月，使用时无需解冻直接取用。冷冻会导致细胞结构变化，适合用于泡水或烹饪，但不建议直接鲜食。
4、腌制保存柠檬切片后与食盐按1:0.2比例分层装入消毒玻璃罐，密封腌制1个月以上可制成咸柠檬。或与蜂蜜按1:1比例浸泡制成蜜渍柠檬，冷藏可保存3个月。腌制过程会产生风味物质变化，适合调味或冲泡饮品。
5、真空保存使用食品真空机抽除包装内空气，可延长保存期至1-2个月。需注意真空包装前确保柠檬表面完全干燥，避免残留水分导致霉变。该方法成本较高但能最大限度保持柠檬的新鲜度和营养成分。
存放柠檬时需根据使用需求选择合适方法，切开后的柠檬应尽快使用或密封冷藏。无论采用何种保存方式，都应定期检查柠檬状态，出现霉变、异味或质地改变时应立即丢弃。日常可搭配密封罐、硅胶保鲜盖等器具辅助保存，避免大量囤积导致浪费。食用前建议用流水冲洗表皮，必要时可用软毛刷轻刷表面去除可能的农药残留。
