多数情况下肛乳头瘤无须手术，体积较小且无症状时可通过保守治疗观察。处理方式主要有定期复查、药物治疗、物理治疗、手术切除。
直径小于5毫米的无症状肛乳头瘤建议每半年肛门指诊或肠镜复查，观察瘤体变化情况。
伴随肛门坠胀感时可使用地奥司明片、迈之灵片等改善循环药物，或复方角菜酸酯栓局部缓解炎症。
高频电凝或冷冻治疗适用于直径10毫米以内的瘤体，通过物理手段使组织坏死脱落。
直径超过15毫米、反复出血或病理提示不典型增生时需行肛乳头瘤切除术，术后需预防肛门狭窄。
日常保持肛门清洁，避免久坐久站，饮食增加膳食纤维摄入有助于减少肛门刺激。出现便血、疼痛加重等情况应及时复诊。
