脑炎可能遗留后遗症，常见表现包括认知障碍、运动功能障碍、癫痫发作及情绪行为异常，后遗症发生概率与病情严重程度、治疗时机等因素相关。
病毒或细菌侵袭脑组织可能导致记忆力减退、注意力下降等认知功能损害。急性期需规范使用抗病毒药物如阿昔洛韦、更昔洛韦或免疫调节剂丙种球蛋白，恢复期配合认知康复训练。
基底节或运动皮层受损可引发肢体瘫痪、共济失调等症状。早期介入物理治疗联合营养神经药物如甲钴胺、鼠神经生长因子，严重者需进行神经修复手术。
脑炎后神经元异常放电可能造成继发性癫痫。需长期服用抗癫痫药物如左乙拉西坦、丙戊酸钠，定期监测脑电图，避免诱发因素如熬夜、饮酒。
颞叶或边缘系统损伤可能导致抑郁、躁狂等情绪障碍。心理治疗联合5-羟色胺再摄取抑制剂如舍曲林、氟西汀可改善症状，家属需加强情感支持。
脑炎患者康复期应保持规律作息，适当补充富含欧米伽3脂肪酸的深海鱼及抗氧化蔬果，定期复查头颅影像学与神经功能评估，后遗症明显者需多学科联合干预。
