肝囊肿可能由先天性发育异常、胆管发育障碍、寄生虫感染、肝脏创伤等原因引起，多数属于良性病变，可通过超声随访、药物驱虫、穿刺引流等方式干预。
胚胎期肝内胆管发育异常导致囊性扩张，形成单纯性肝囊肿。通常无症状，体积较大时可出现右上腹隐痛，定期超声监测即可。
Caroli病等胆管结构异常会引发多发性肝囊肿，可能伴随胆管炎反复发作。需通过磁共振胰胆管造影确诊，严重时需行胆管引流术。
肝包虫病导致的囊肿具有地域流行性，囊壁可见分层结构。临床常用阿苯达唑驱虫治疗，巨大囊肿需配合穿刺硬化或手术切除。
肝脏外伤或手术后可形成假性囊肿，囊液多为血性或胆汁成分。多数可自行吸收，持续增大者需超声引导下穿刺引流。
发现肝囊肿后应避免剧烈运动防止破裂，每年复查超声观察变化，合并感染时需及时使用头孢曲松等抗生素治疗。
