病毒性脑炎后遗症多数情况下难以完全根治，但可通过康复治疗改善症状。后遗症严重程度与脑损伤范围、治疗及时性、患者年龄等因素相关。
运动障碍、语言障碍等后遗症需长期康复训练，通过物理治疗和作业治疗促进神经功能代偿，常用药物包括甲钴胺、胞磷胆碱钠、鼠神经生长因子。
记忆减退或执行功能下降可通过认知训练改善，胆碱酯酶抑制剂如多奈哌齐、卡巴拉汀、美金刚可能有助于延缓认知退化。
约30％患者会出现继发性癫痫，需长期服用抗癫痫药物如左乙拉西坦、丙戊酸钠、拉莫三嗪控制发作，定期脑电图监测必不可少。
情绪障碍或人格改变需心理干预联合药物治疗，奥氮平、舍曲林、喹硫平等药物可改善症状，家庭支持对康复至关重要。
建议保持低脂高蛋白饮食，适度进行有氧运动，定期复查头颅影像学评估脑部变化，后遗症管理需要神经科、康复科、心理科多学科协作。
