病毒性脑炎可能复发，复发概率与病毒类型、免疫状态等因素有关。
部分病毒如单纯疱疹病毒可潜伏于神经节，免疫力下降时重新激活致病，需定期复查脑脊液检测。
艾滋病、长期使用免疫抑制剂等导致免疫功能受损，病毒清除不彻底，需通过免疫调节治疗控制原发病。
急性期抗病毒疗程不足可能导致病毒残留，表现为头痛、发热等症状再现，需足量使用阿昔洛韦、更昔洛韦等药物。
不同血清型肠道病毒等可引发再次感染，出现意识障碍、抽搐等新发症状，需进行病毒分型检测指导治疗。
康复期应保证充足营养与睡眠，避免劳累，出现发热或神经症状加重时及时复查头颅影像学。
