木瓜一般可以与大多数食物同食，但不宜与高蛋白食物、寒凉性食物、富含鞣酸的食物、酒精类饮品及特定药物同时大量食用。
木瓜含有丰富的木瓜蛋白酶和维生素C，与高蛋白食物如牛奶、鸡蛋同食时，蛋白酶可能分解蛋白质影响吸收效率，但少量食用无碍。与螃蟹等寒凉性食物同食可能加重胃肠不适，体质虚寒者需谨慎。未成熟的青木瓜中鞣酸含量较高，与海鲜同食可能降低营养利用率。
木瓜与酒精同食可能加速酒精吸收，增加肝脏代谢负担。部分药物如抗凝血药华法林可能与木瓜中的维生素K产生相互作用，影响药效。特殊人群如孕妇应避免食用未成熟木瓜，因其含有的木瓜苷可能刺激子宫收缩。
日常食用木瓜建议选择成熟果实，避免空腹大量进食。搭配温性水果如芒果可平衡寒凉属性，餐后间隔一小时再饮用乳制品更利于营养吸收。过敏体质者初次食用需观察反应，糖尿病患者需控制摄入量。若需长期服药，建议咨询医生关于饮食禁忌的个性化指导。
